虾青素根据来源不同，分为化学合成虾青素、红发夫酵母虾青素和雨生红球藻虾青素。虽然都叫虾青素，但从本质上有很大的区别：

化学合成虾青素的分子结构有三种类型，分别是3S, 3‘S (25%左旋/反式)，3R, 3‘R (25%右旋/顺式)和3R, 3’S (50%消旋)，其虾青素大多是游离的。由于化学合成虾青素存在潜在不可控的化学物质和风险，美国食品药品监督局在2000年明确规定，化学合成虾青素不能用在人体，只能用在动物着色。所以长期以来，在水产饲料中，应用比较多。

红发夫酵母虾青素的分子结构是3R, 3‘R (100%右旋/顺式)，其含量很低，目前市面上大多在0.5%左右，并且它是100%右旋的顺式结构虾青素。实验证明：人和动物体内无法利用和吸收顺式结构虾青素，所以红发夫酵母来源的虾青素也主要是用在水产饲料中。

雨生红球藻来源的虾青素的分子结构是3S, 3‘S(100%左旋/反式)，其含量比较大，藻粉中虾青素的含量一般在4%以上，虾青素油主要有5%和10%两中规格，水溶性虾青素微囊粉主要有2%和2.5%两种规格。雨生红球藻虾青素是左旋、反式虾青素，它有80%是双酯，10%是单酯，10%是游离的。雨生红球藻虾青素是人类迄今为止发现的，最强的天然抗氧化剂，对人和动物有非常强的保健作用。